在厘清了三权分置的政策前提之后，才能对学术界主要的争议点进行梳理。过去，承包地由农户经营，土地所有权与土地承包经营权的分置足以反映此时的经济关系，但“在土地流转过程中，土地承包经营权变成承包权与经营权两部分，从而形成了所谓的所有权、承包权和经营权‘三权分置’的状态”。但在承包权、经营权的性质问题上，现行法律没有予以解决。主要争议在以下几个方面:

(一)土地承包经营权、承包权的性质和关系

现行物权法中明确表述的概念是土地承包经营权。但2014年中央一号文件明确提出“农户承包权”和“土地经营权”两个概念，并在2014适度规模经营意见中进一步确认此概念。2015年中央一号文件重点强调了土地经营权对土地流转的意义。2016年中央一号文件再次表达了“土地集体所有权”“农户承包权”和“土地经营权”三个概念。这三个概念在法律上需要进一步厘清。

首先，土地承包经营权是现行法律明确规定的用益物权。那么农户承包权是从土地承包经营权中分离出来，还是先于土地承包经营权产生呢?按照2014年中央一号文件的精神，农村土地改革的前提就是“稳定农村土地承包关系并保持长久不变”。那么稳定农户承包权显然是针对此前提而言。

其次，农户承包权是一种社员权，即基于其农村集体组织成员而拥有的权利。所以农户的承包权从法理上应该先于土地承包经营权。但是两种权利是不同性质的。农户的承包权是一种社员权，即身份权。《中华人民共和国农村土地承包法》(以下简称《农村土地承包法》)第5条明确规定:“农村集体经济组织成员有权依法承包由本集体经济组织发包的农村土地。任何组织和个人不得剥夺和非法限制农村集体经济组织成员承包土地的权利。”成员权终极目标是公平，通过成员权的界定，保证集体中每个成员享有同等的权利，也减少成员之间的依附性，……独立表达对社会的基本观点。承包权在权属类别上属成员权，农户获得集体的承包地，依靠的是集体成员资格。所以，有些学者在土地承包经营权的性质上纠结，实际上是误读了法律规则。还有不少学者混淆使用“承包权”和“土地承包经营权”也导致了理解的偏差@。

(二)承包权和经营权的性质和关系

第二个争议的问题是经营权的性质问题。前文已经探讨了农户的承包权是一种身份权，那么土地的经营权则不可能来自于这种社员身份权的分离，而只能是来自于土地承包经营权。陈锡文在2015年2月3日国务院新闻办公室的新闻发布会上就明确:“在落实土地集体所有权的基础上，需要稳定农民对土地的承包权。……在这个基础上，要放活农村土地的经营权。现在将农村土地流转，流转的是农村土地的经营权，实行三权分置，这也是为了更好的改革。”

很多学者对于土地承包经营权能否分离出来土地经营权持否定意见。主要包括三个方面的反对意见。其一，以所有权权能分离论证“三权分置”的正当性，不合他物权设立的基本法理。由所有权的整体性所决定，所有权不是占有、使用、收益、处分等各种权能在量上的总合，而是一个整体的权利，不能在内容或时间上加以分离。土地承包经营权等用益物权并不是所有权权能分离的结果，而是土地所有权人行使其所有权的表现多。这部分学者认为土地承包经营权并非土地集体所有权分离的结果，只是土地所有权人基于法律行使所有权的具体表现。其次，土地承包经营权分离为土地承包权和土地经营权缺乏法理支持。土地承包经营权是物权法对于约定俗成的说法法律化的结果。土地承包经营权所传达的是在农村土地之上设立的以从事农业生产为目的的权利，并没有细分为“土地承包权”和“土地经营权”。其三，他们认为现行土地制度并不阻碍土地流转，本身足以保证土地的流转。虽然在表述上先后经历了“稳定”“长期稳定”到“稳定并长久不变”的变化，但稳定土地承包关系的根本宗旨没有变，那就是避免农民的土地承包关系不稳定乃至土地承包经营权被非法剥夺的现象。稳定土地承包关系，不仅不排斥土地流转，而且有利于土地流转。其四，他们认为物权法体系之下，真正带有身份权的是土地集体所有权，土地承包经营权并非身份权利。在新型农业经营体系之下，完全无须固守本集体经济组织成员平等取得土地承包经营权的传统模式，发包方完全可以根据以民主决策程序形成的土地承包方案，将本集体的土地发包给非集体经济组织成员的农业生产者勿。此时，没有土地承包经营权的农民集体成员仍然依据其身份享受系列相关权利。

笔者对于此种争议将从三权如何分置入手。前述以高圣平为代表的观点有一个假设的逻辑前提，即三权分置从两权分置而来，即改革开放之后，我们将农村土地集体所有权分置为土地集体所有权和土地承包经营权。然后现在按照经济学家的设计，把两权再向三权予以分置，将土地承包经营权进一步分离为土地承包权和土地经营权。但是这个逻辑前提并不正确，只是学者们的想象而已。实际上，纵观历次中央文件，从未提出土地承包经营权是由集体所有权分离出来的结果。前文，笔者已经指出，在2002年的《中华人民共和国农村土地承包法》就已经有了承包权的法律概念，并且与土地承包经营权并列存在。从法理逻辑上分析，承包权才是农民基于集体经济成员的身份权，而土地承包经营权则是法律基于农民的承包权赋予农民的土地权利。至于土地承包经营权的性质在2007年《中华人民共和国物权法》已经明确定义为用益物权。只是现存的法律之间(主要是《农村土地承包法》和《物权法》)存在一些衔接的问题。使得学术界对于土地承包经营权的性质仍然存在争论。

基于以上讨论，高圣平等学者所主张的第一和第二条理由自然无法成立。因为土地承包权、土地经营权并非来自于对土地承包经营权的分离，而是基于不同的法理产生。前者依据《农村土地承包法》是一个社员权，而土地经营权是土地承包经营权的一种权能，恰恰是基于土地承包权为实现土地集体所有权而来。第四个观点也是错误的。因为按照现行土地法律制度体系，土地属于农村集体所有，但土地承包权则是农民基于农村集体成员身份而拥有的社员权，这在《农村土地承包法》中规定得非常明确。学者们的偏差在于单纯从《物权法》孤立地理解现行土地制度和中央文件，自然难免偏颇。至于第三种观点，有一定道理，但是并不全面。现行制度的确是运行土地承包经营权的流转，现实实践中大量存在土地流转的情形，但是说现行法律制度十分有利于土地流转则是过于偏颇。正是因为现行《农村土地承包法》和农业部相关土地流转法规对土地流转的大量限制，使得现实实践中大量土地流转在形式和内容上均处于灰色地带，权属界定不清，产生了大量土地纠纷。典型的如《农村土地承包法》第37条规定:“土地承包经营权采取转包、出租、互换、转让或者其他方式流转，当事人双方应当签订书面合同。采取转让方式流转的，应当经发包方同意;采取转包、出租、互换或者其他方式流转的，应当报发包方备案”。

(三)经营权是否可以抵押的问题

第三个核心争议问题即经营权是否可以抵押问题。讨论这个问题的前提是不少学者对于土地经营权和土地承包经营权的关系尚有疑虑。实际上，前文已经提及土地承包经营权是一种法定用益物权。而土地经营权则是土地承包经营权的一种权能。2014年中央一号文件在内的中央文件的表述，并不代表其所有的概念都是法律概念。所以土地经营权并非一个法律概念，只是土地承包经营权的一种具体权能而已。我们在讨论学术问题时必须区分政策概念和法律概念。厘清了这个问题，我们再来讨论经营权是否可以抵押的问题。在很多学者看来，所谓三权分置主要是为了能把农民的土地经营权盘活为一种可以抵押的金融资产。

《物权法》第184条第1款第2项规定:“耕地、宅基地、自留地、自留山等集体所有的土地使用权，但法律规定可以抵押的除外…...庄现行法律体制下，通过招标拍卖协商获得的农村荒地是可以抵押的，但是其他农地是不可以抵押的。可见，我国法律是禁止抵押土地承包经营权的，但在现实中已经突破了。2010年11月，重庆市出台《关于加快推进农村金融服务改革创新意见》，其中明确规定:“将在全市推广农村土地承包经营权抵押融资”。类似的情况还有江西、河北、湖北等地。尽管2015年《国务院关于开展农村承包土地的经营权和农民住房财产权抵押贷款试点的指导意见》已经提出进行两权试点，但是应该仅仅限于试点地区谨慎进行。如果要放开土地经营权(或土地承包经营权)的抵押权能，则需要修改《物权法》和《农村土地承包法》《担保法》相关法律规制。能够从法律上放开是一个问题，实际效果可能是另外一个问题。因为从实践的效果来看，并不理想。如武汉地区的实验表明，允许农村土地承包经营权的抵押后，后期银行在接盘土地承包经营权之后，遇到农民阻止的问题。法律问题从来都不是一个单纯的法律问题，而是社会综合问题，必须通盘考虑。