重点实验室是一个联合单位，其日常管理主要由动物实验中心负责，为了保证有效运行，成立重点实验室办公室，动物实验中心主任兼任重点实验室主任，由科技厅任命，并设秘书1名，负责与科技厅和各个组成单位研究人员的联系。为了克服实验中心固定人员少，研究室多的局面，在管理上采取“六化”管理措施。2. 1科室管理精细化为加大科室管理力度，根据科室点多面广的特点，并结合工作人员各自的专业优势，为充分调动每个工作人员的积极性，增强其管理意识，本实验室建立“交叉网络管理模式”。在此模式下，每个人负责一个研究室的相关管理工作，每个人既是管理者也是被管理者，每周一科务会上各室负责人进行工作汇报，由科室主任进行讲评，提出要求并协调各个管理小组之间的工作。此模式一方面锻炼个人的管理能力，另一方面又能保证管理上不留死角，提高工作效率，避免工作上的推诱，使科室运行高效。
2. 2科学研究团队化
从重点实验室建设开始，本实验室以建立研究型团队为主要目标，将科室工作人员从单纯实验保障型向实验保障和研究复合型过渡。利用科室承担的全军及军区课题，将科室人员分成多个科研攻关小组，每个小组负责人均由博士或硕士担任，如一名博士带领一名实验员负责脑和神经内分泌方面的研究，另一名博士带领另一名实验员进行肠道私膜通道性方面的研究。在导师指导下，在读研究生和科室实验员也组成研究小组。将大课题分解成小课题，由各小组负责实施。在动物实验及取材时通力合作，取材后各小组进行各自所取脏器的病理生理机制及分子生物学研究;这样一方面节约科研团队时间和经费，另一个方面充分调动科室人员的科研积极性，收到很好效果。本团队2015年获批原兰州军区科研创新团队。
2. 3人才培养自主化
针对动物实验中心人员科研实力相对薄弱问题，为了加快研究步伐，不能靠等高学历研究人才的引进，本实验室注重现有人才的发掘和培养，坚持于每周五上午进行科研课题讨论，并针对每个科研小组的研究方向，要求课题负责人进行相关国际前沿的读书汇报。针对科室招聘人员学历低的状况，为了适应研究型科室的发展战略，鼓励其利用业余时间攻读专业硕士。在此模式下，一名主管技师在参与课题研究同时，于2015年7月顺利从新疆农业大学动物医学专业硕士毕业。另一名实验员也于2015年考取新疆农业大学硕士研究生，正参与本课题研究，另外两名实验员于2016年参加硕士研究生考试，本科2名博士分别获批自治区的科研项目，并获批硕士研究生导师资格，1名博士后顺利出站;重点实验室获批新疆医科大学联合博士培养点，科室人员在共同的课题攻关中科研能力得到不断提升。
2. 4联合攻关多学科化
重点实验室的客座专家和学术委员会主任及委员有军内著名的野战外科院士，也有高原医学、航空医学、基础医学和临床医学的专家教授。在各位专家的指导和带动下，实验室既在军内进行研究合作，同时也在疆内与新疆医科大学、石河子大学、新疆农业大学、新疆中医药和民族医药研究所建立合作关系。院内与放疗科、烧伤科、输血科、急诊科、ICU、临床医学研究所、检验科、营养科、心内科等科室建立跨学科的科研团队，以加快特殊环境军事医学研究，加快人才培养步伐，团结协作，联合攻关。
2. 5研究方向特色化
因为本实验室具备“西北特殊环境人工实验舱”这一特色平台，在科研方向上逐步形成自己的研究特色。沙漠干热环境腹部火器伤创伤机制及救治研究为“十一五”全军临床高新技术项目，在国内外首次建立沙漠干热环境腹部火器伤模型，前期研究经科技成果鉴定认为已经达到国际先进水平，并获自治区科技进步一等奖，其救治研究正在进行中。同时，成功建立沙漠干热环境中暑模型，论文发表在美国急救医学杂志，并在国内外首次将姜黄素应用于沙漠干热环境热射病的治疗研究，结果显示大鼠的生存率明显提高，提示姜黄素有明显的脏器保护作用，以此推测姜黄素有望成为预防和治疗沙漠干热环境热射病的有效药物，其机制7个科研攻关小组正在积极研究中，有多篇文章陆续发表。本实验室已经在沙漠干热环境研究中形成特色优势，但在高原领域的研究尚未形成学科优势。近期拟与中医药和民族医药研究所联合，以新疆民族医药为突破口，结合特殊环境医学的研究方向，以期在高原和沙漠干热环境损伤保护的药物研究方面形成研究特色和优势。2. 6安全管理常态化始终把安全管理放在首位，组织全科人员认真贯彻条令条例，遵章守纪，从军区部队发生的事故问题中汲取教训，逐步加强全科人员安全防范意识。本科在实验过程除了强调生物安全外，还存在毒麻药品管理的安全、消防安全、消毒锅的压力容器安全、人工实验舱的操作安全等，加上新疆环境的特殊性，安全工作显得尤为重要，结合本科实际情况，科室安全工作实行四级负责制(包括各实验室、各组、总值班员、主任)。为了加强安全，启动24小时在岗在位的安全值班，并制定值班制度，明确值班的责任，确保安全工作万无一失。
本实验室已经获批自治区重点实验室，但仍存在基础薄弱、管理经验不足、科研实力不强，没有形成较强的学科特色优势等问题。随着重点实验室建设的不断推进，在多学科研究团队的共同努力下，逐步形成高原和沙漠干热环境医学的研究特色，促进本院特殊环境军事医学的研究发展。
