海西海表层沉积物硅藻功能群的空间异质性反映了驱动硅藻群落构成的湖泊内部环境因子的差异性。水深作为重要的环境因子，对硅藻的生长具有重要的决定意义，进而影响硅藻功能群的组合。由于湖泊水下形态的差异，不同水深条件下可以构建不同的生境，形成了“沿岸带一过渡带一敞水带”空间分异[32]。海西海表层沉积物硅藻功能群CONISS和PCA结果表明，表层硅藻功能群也是随着水深梯度呈现明显空间分异(图3和图4a)，呈现了与上述结论类似的模式。例如水深<5 m的样点主要以功能群MP为主，相对丰度超过了50%，并且功能群Lo,   TD也比水深较大样点的丰度要高。功能群MP中主要优势种为连结脆杆}} (Fragilaria construens)、扁圆卵形a} (Cocconeisplacentula)、极细微曲壳}} ( Achnanthes minutissima)，功能群Lo, TD主要优势种为双眉藻属(Amphora sp.)、异极藻属( Gomphonema sp.)均可反映中浅水体、长时间混合以及有大型水生植物分布的典型牛靖特征，与海西海临沂的大理西湖、洱海的砖藻现代调杳结果转为一致[33-34]功能群D,  P随水深梯度的加大，相对丰度超过了50%，成为主要优势功能群，且功能群A, B也比水深较浅样点的丰度明显增加。功能群D,  P中主要优势种为眼斑小环(Cyclotella ocellata)、克罗脆杆藻(Fragilaria crotonesis)，功能群B主要优势种为扭曲小环(Cyclotella comta)为个体较小的中心纲浮游硅藻，反映了水体分层、水生植物减少的典型水深较大、敞水区生境特征，这与邹亚菲等对云龙天池和Wang等对沪沽湖表层沉积物硅藻的研究结果基本一致。水深限制的聚类结果同时表明，水深8 m左右可能是海西海硅藻出现功能分异的阂值水深，这也是海西海夏季出现热力分层的深度。当水体出现热力分层使浮游硅藻更具优势，有利于小环藻属(Cyclotella sp.)等小型浮游硅藻的生长，限制了重硅质的硅藻的生长，从而导致硅藻功能群的演替   

RDA分析的结果同时表明，沉积物总氮、总有机质指示的营养盐是影响硅藻功能群空间差异的另一环境因子(图4b)，是硅藻等水生生物摄取的营养源，并与水体营养盐水平保持动态平衡。离岸最小距离与总氮、总有机质夹角较小，表明流域输入是影响湖泊营养盐空间分布的主要因素。南部湖区样点的沉积物总氮含量较其他湖区样点稍高，可能是由于海西海南侧山地主要为农耕地，农肥施用较多，植被覆盖较差，流失的营养盐可在雨季随地表径流进入湖中。功能群P丰度除受水深影响外，同时也与总氮呈显著正相关(r=0.36)，表明营养盐对其具有促进作用。对巢湖和龙感湖的表层沉积物硅藻空间分布的研究也表明，克罗脆杆藻、颗粒直链}}(Aulacoseira grannulata)等对总氮、总磷敏感的硅藻种出现了湖区间明显的空间分异，指示了不同湖区营养水平的差异。胡竹君等对洱海现生硅藻的空间分布研究指出:克罗脆杆藻作为典型氮耐受种，在洱海水体氮含量较高的晚冬早春季节整体丰度偏高;而以弯棒杆(Rhopalodia gibba)为代表的功能群A的丰度与总氮等营养盐的增加呈负相关，说明其对水体营养盐浓度较为敏感，这与沪沽湖弯棒杆藻的空间分布结果是相似的   

 一般而言，湖泊沿岸带浅水区由于基质多样(主要有岩石、砂质、淤泥等)，水生植物覆盖度高，因此生境类型较深水区更为丰富，多样性也更高[32]。海西海表层沉积物硅藻功能群多样性基本呈现浅水区(< 5 m)比深水区(>O  m)整体较高，其原因是海西海水下湖盆形态南北两侧坡度较大，生境类型随水深增加，呈现由沿岸带底栖生境向敞水区浮游生境快速过渡造成的。需要注意的是，硅藻功能群在水深5一10 m范围内波动较大，其原因可能是湖泊季节性混合、风力驱动的湖水表层环流以及水库蓄放水等因素造成的水动力季节性变化，使沿岸带硅藻迁移至较深的湖区，使得功能群组合出现分异、波动。