欧盟-北约战略伙伴关系是一种特殊国际组织间关系，它既是欧盟与北约关系的制度化，也是欧盟与北约建立起来的合作关系。要想理解欧盟-北约战略伙伴关系的成因，我们还要从欧盟与北约的国际组织属性说起。

从委托代理的角度来讲，作为国际组织的欧盟、北约与其成员国之间也形成了一种委托代理的关系。由于高昂的“主权成本”，国家很少将涉及国家安全与防务授权给第三方。然而，在冷战结束后，面对失败国家、持续不断的国内冲突以及欧洲周边形势的不稳定所带来的挑战，地区危机管理、冲突管理等议题成为欧洲国家亟待解决的任务。国家一般不直接参与上述议题的解决，而是将它们委托给欧盟或北约来完成。欧盟与北约也就在外交与安全政策领域，以及国际冲突与危机管理中获取了新的职能，逐渐成为国际性行为体。从委托代理视角观察欧盟与北约，我们既可以观察到成员国对欧盟与北约的控制，也可以观察到欧盟与北约的自主性。

北约与欧洲安全与防务政策都是建立在政府间主义的基础之上的。由于国家安全领域的敏感性，这两个组织或者制度的行动都受成员国的控制。具体来说，欧盟安全与防务政策的主要决策机构是欧洲理事会和欧盟理事会。作为由成员国元首、政府首脑以及欧盟委员会主席为主要组成部分的会议，它是欧盟内部最高权力机构，负责欧盟共同防务制定的总体原则和战略目标。欧盟理事会，又被称之为部长理事会，它是代表成员国利益的政府间机构。在欧盟发展历史上，1965年著名的“空椅子危机”之后，欧盟成员国达成的“卢森堡妥协”加固了欧盟一体化的政府间性质。欧盟内部机构中，具有超国家色彩的欧盟委员会被排除在欧洲安全与防务领域之外。北约也是政府间组织，其主要决策机构是北大西洋理事会和防务计划委员会。北大西洋理事会由北约成员国组成，是北约最高决策机构和权力机构。防务委员会是北大西洋理事会的“附属机构”，它负责制定北约的防务政策与计划。北约在决策程序上遵守“协商一致”，该原则实际上就是“每一个参与者都拥有否决权的系统”。为了提高决策效率，欧盟在决策机制上引入了“特定多数表决”、“建设性弃权”等灵活原则，但欧盟在共同防务领域大部分决策还是采取成员国“一致通过”的方式进行。成员国能对欧盟与北约施加控制意味着国家决定着欧盟与北约的对外关系。欧盟与北约之间建立什么样的关系是在成员国的推动下进行的，因为没有国家的赞同与默许，国际组织之间无法建立正式的关系。

两个组织的自主性主要体现在两个组织的官僚与机构上。有学者指出，国际组织并非是其成员国的附属物和传话筒而是追求自我利益的行为体。国际组织的利益表达以及对外行为都需要具体的机构与人去执行，这些机构与人员被称之为国际组织的官僚机构与国际官僚。对国际组织来说，国际官僚作用重大，他们往往扮演着“组织边界角色”（boundary-role）或跨边界者（boundary spanner），是连接国际组织与外部环境的中介者，代表各自所在的国际组织协调与其它国际组织之间的关系。

在北约与欧盟的国际官僚中，北约秘书长与欧盟共同外交与安全政策高级代表是两个最重要的人物。在成立之初，北约并没有设置秘书长的职位，欧洲盟军总司令是北约最具影响力的官员。直到北约成立三年之后，为了改善北约组织的政治领导力和盟国之间的政治融合，北约设置了秘书处，其负责人就成为秘书长。北约秘书长是北约主要决策机构——北大西洋理事会的主席，同时，还兼任防务计划委员会、核计划小组主席等职务，他可以利用这些职位赋予的权力影响和制定北约的政策。1997 年的阿姆斯特丹条约设立欧盟共同外交与安全政策高级代表的职位，这一职位的主要功能就是协助欧洲理事会主席国制定与执行欧盟与外交与安全相关的政策。欧盟设立高级代表主要为了增强欧盟共同外交与安全政策内不同国家的一致性，同时推动欧盟在国际事务中发挥更大的作用。两年之后的欧盟科隆峰会上，哈维尔·索拉纳正式被任命为欧盟共同外交与安全政策的高级代表。欧盟高级代表是欧盟外交政策的关键性人物，是欧盟外交政策的主要塑造者。安吉尔·萨斯-卡兰萨的研究表明：欧盟高级代表与北约秘书长分别在设计欧盟以及北约的战略、发展方向、动员国家支持等方面发挥着独立性作用。当国际组织具有一定的自主性时，它们就会有自己独特的利益诉求。这就意味着欧盟与北约之间是否建立关系，建立什么样的关系也取决于两个组织自身的需求。