我国在对植物新品种权进行法律保护的过程中，也会存在一些问题，主要有以下几个方面。

其一，育种主体知识产权意识不强。与西方发达国家相比，我国对植物新品种保护的研究起步相对较晚，植物新品种保护制度构建和实施时间较短，国内仍有相当一部分育种主体未能够充分认识到植物新品种权法律保护的重要性，以至于育种主体的申请行为和技术创新行为有待进一步规范。中国既是农业大国，又是育种大国，广阔而肥沃的土地为育种者开发植物新品种营造了良好的外部环境。研究调查显示，我国每年均新增数百种植物新品种，但能够申请知识产权保护的新品种仅有几十种，目前国内部分地区对植物新品种知识产权的保护重视度不够，农业科技创新积极性不高。研究发现，植物新品种权申请量的排名与地区农业生产总值排名呈现正相关性，即植物新品种权申请量的排名越靠前，地区农业生产总值排名越靠前；反之亦然。由此可见，我国育种主体对植物新品种权的法律保护意识淡薄，相关部门应该加强对育种主体的相关培训和教育，不断提升育种者植物新品种权的法律保护意识，努力使每位育种者都能够充分认识到植物新品种权法律保护的重要性和必要性，从而促使育种主体积极参与到植物新品种权法律保护中。

其二，植物新品种研发和产业发展落后。一直以来，我国农业始终以大田作物为主，经济作物所占比重较低，而西方发达国家农业与中国恰恰相反，即以经济作物为主，大田作物所占比重较低，由此表明，我国植物新品种研发和产业发展较为落后，因此需要我国加大对植物新品种研发力度，调整优化植物新品种结构。同时，积极引进国外先进的植物新品种，大批量种植观赏植物、蔬菜及花卉等高产值作物。如著名蔬菜基地山东寿光，该地区最早开展植物新品种结构变革，并从国外引进了一大批先进的植物新品种，以此使得山东寿光成为中国最大的蔬菜基地，每年均给山东寿光人们带来不菲的收入。

其三，国内种植业受国外种植业的冲击较严重。自改革开放政策推行以来，国外各大行业企业纷纷进军中国市场，使各国各大行业陷入日益激烈的市场竞争中，其中也包括国外种植业。据统计发现，目前，全球的植物新品种战略资源大都掌控在美国、日本、欧盟、荷兰及德国中，此形势下，更需要高素质、高水平的相关人员，投入大量的财力、物力及人力资源进一步加大种植业科技创新力度，不断提高我国种植业企业市场竞争力，确保我国种植业能够在日益激烈的竞争市场中占据一席之地。

其四，在我国各个区域内，在申请植物新品种权和授予其权利得状况时也有所不同。云南省具有“植物王国”的美称，该地区的植被类型、植物遗留种及植物种类位居全国首位，但其植物新品种授权量仅占全国总授权量的2.1%，而部分地区虽植被类型、植物种类较少，但其植物新品种授权量在全球总授权量占据的比例较高，由此进一步验证了国内各地区植物新品种权申请、授权状况存在着较大的差异。